自国家卫健委公布武汉肺炎疫情以来，校医院认真落实学校有关部署，高度重视新型冠状病毒感染的肺炎防控工作。1月21至23日，分管副校长崔延强多次与校医院班子研究防控工作和诊疗方案，校医院召集各层级召开三次防控工作会，迅速成立西南大学医院新型冠状病毒感染的肺炎疫情防治工作领导小组及专家组，并制定了《西南大学医院新型冠状病毒感染的肺炎防治工作预案》。同时针对每一版本的《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案》进行培训，明确职责分工，按卫健委要求设立发热门诊及预诊分诊台，制定发热病人就诊流程，控制进出通道，隔离观察室、发热门诊室第一时间准备就绪，在春节前夕提前做好各项基本防控工作。
春节期间，学校党委书记李旭锋、校长张卫国、党委副书记安春元、党委副书记潘洵、副校长崔延强分别来院或电话慰问坚守岗位的医务人员，检查最新防控工作开展情况。
1月24日重庆市启动重大突发公共卫生事件一级响应，校医院高度重视，积极响应，落实疫情防控工作。1月27日，校医院召开第四次疫情防控工作会，完善校医院防控应急预案，全力采购医疗物资，安装疫情防控监控系统，增加安保，配合社区街道及学校做好摸排技术指导和医疗培训，协助做好消毒杀菌指导工作。同时积极开展公众答疑、辟谣等宣传工作，每日统计职工在渝情况，要求全院职工24小时待命。
目前，发热门诊及医疗工作运行正常，物资紧缺情况有所好转。校医院在学校的整体部署下，正严阵以待、积极备战、科学有序地做好疫情防控各项工作。